Kontrolou spolku můžeme rozumět kontrolu vnitřní, nebo kontrolu vnější.
Orgánem vnitřní kontroly spolku je kontrolní komise. Její zřízení není (stejně jako v případě rozhodčí komise) povinné. U větších spolků je však vhodné. Povinnými orgány jsou pouze statutární orgán a nejvyšší orgán. Kontrolní komisi musí tvořit nejméně tři členové. Neurčí-li stanovy další omezení, není členství v kontrolní komisi slučitelné s členstvím ve statutárním orgánu spolku ani s funkcí likvidátora. Kontrolní komise dohlíží, jsou-li záležitosti spolku řádně vedeny a vykonává-li spolek činnost v souladu se stanovami a právními předpisy, nesvěří-li jí stanovy další působnost. Zjistí-li kontrolní komise nedostatky, upozorní na ně statutární orgán, jakož i další orgány určené stanovami. V rozsahu působnosti kontrolní komise může její pověřený člen nahlížet do dokladů spolku a požadovat od členů dalších orgánů spolku nebo od jeho zaměstnanců vysvětlení k jednotlivým záležitostem.
Orgánů vnější kontroly spolku může být celé řada. Instituce, která by však kontrolovala obecně všechny spolky, neexistuje. V obecné rovině se může jednat o rejstříkový soud, který může kontrolovat, zda má spolek v rejstříku správné údaje, založené povinné listiny ve sbírce a podobně. V praxi záleží, jakou činnost spolek vykonává. Může se jednat zpravidla o finanční úřady, orgány poskytovatelů dotací, inspekce práce (pokud má spolek zaměstnance) a podobně.